الهيدروبونيك في نظام تربية الأحياء المائية التقليدي، يمكن أن يؤدي تراكم إفرازات الكائنات المائية في المياه إلى زيادة السمية والتسمم لهذه الكائنات. أما في نظام الأكوابونيك، فيتم تغذية نظام الزراعة المائية بالمياه القادمة من نظام تربية الأحياء المائية،
