في نظام تربية الأحياء المائية التقليدي، يمكن أن تؤدي زيادة إفرازات المخلوقات المائية إلى تراكمها في المياه، مما يزيد من السمية لهذه الكائنات. أما في نظام الأكوابونيك، فتتغذى الزراعة المائية على المياه القادمة من نظام تربية الأحياء المائية، والتي تحتوي على المخلفات الغذائية الناتجة عن الكائنات البحرية المرباة، وغالبًا ما تكون الأسماك.
